El bypass gástrico consiste en cortar un pequeño bolsillo de estómago, que queda separado de todo el resto del estómago. Adicionalmente se secciona el intestino delgado; quedando separado de su porción inicial (duodeno), en la cual se vacía la bilis proveniente del hígado. La bilis tiene la función de emulsificar las grasas y permitir que estas se absorban: sin bilis no hay absorción de grasas. El segmento de intestino seccionado se une con el pequeño bolsillo de estómago descrito previamente. Esta unión tiene un diámetro de 12mm aprox., que produce restricción y saciedad al paciente. La porción del intestino que recibe la bilis, se une nuevamente con el resto del intestino delgado 120 a 150cm más adelante.